Bei  Bakterien kommen Restriktionsenzyme (Restrictionsendonucleasen) vor. Es sind Nukleasen, die DNS spalten können ("enzymatische Scheren"). Mit diesen Nukleasen baut ein Bakterium die in seine  Zelle eingedrungene Phagen-DNS ab und macht sie unschädlich. Die eigene Bakterien-DNS wird von den Restriktionsenzymen nicht abgebaut, da es an den Angriffsstellen dieser Nukleasen auf der eigenen DNS  Nukleotide mit schützenden Methyl-Gruppen gibt. Zum Abbau der DNS schneiden sie die DNS-Stränge   auf.